Это произошло до появления привычной нам Зоны. Во времена, когда её посещали лишь так называемые Первопроходцы, появился один очень странный учёный. Он никому не рассказывал о своих исследованиях, а его дневник с записями был тайной за семью замками. Пока группы прочёсывали Южную Зону, этот сумасшедший уходил дальше всех — к окрестностям РЛС, Припяти и ЧАЭС.
Однажды, проходя вдоль реки, он заметил искажения в самой широкой её части. Лодки под рукой не было, и ему пришлось форсировать реку вплавь. По мере приближения к аномалии искажения рассеивались. Оказавшись на берегу острова, он обратил внимание на тот берег, откуда пришёл. Тот теперь выглядел искажённым. Выходя с пляжа, он заметил, что вся растительность на острове имела бурый цвет.
Учёный шёл всё дальше и дальше. Оказалось, что остров был в несколько раз больше, чем поначалу казался. Он обнаружил множество объектов стратегического назначения времён СССР. Обойдя почти весь остров, он отметил, что солнце ещё высоко, хотя по его ощущениям прошло много времени.
Всю полученную информацию он записал в дневник. Но вдруг небо резко покраснело. Учёный слышал о выбросах, но видеть их воочию не доводилось. Он укрылся в подвале одного из зданий.
Пока длился выброс, он продолжал делать записи и зарисовки. Когда всё стихло, он выбрался наружу и направился обратно, к тому берегу, где пересек реку.
Добравшись до другого берега, он мысленно попрощался с островом и направился к выходу из Зоны, которым часто пользовался.
Не дойдя до выхода, он подвергся нападению бандитов с оружием. Те забрали все деньги и ценные вещи, но дневник посчитали бесполезным и выбросили. Учёный подобрал его и продолжил путь.
На подходе к лаборатории он наткнулся на контакты некого НИИ-7. Не обладая большим достатком, он решил попытаться заручиться хотя бы небольшой поддержкой. Тем же вечером он связался с представителями института и предложил сотрудничество. Над ним посмеялись и повесили трубку. Он расстроился, но не сдался.
На основе данных из одной старой советской лаборатории, он создал некий излучатель. Включив его, учёный схватился за голову: в его сознании зазвучал Шёпот — манящий и отталкивающий одновременно. Через несколько минут он уже не мог сопротивляться. Шёпот полностью овладел им.
Учёный убрал излучатель в сумку и снова отправился в Зону. Люди, мимо которых он проходил, хватались за головы. Но стоило ему уйти — им становилось легче.
Добравшись до Зоны, он заметил КПП с военными. Учёный спокойно вошёл — солдаты не смогли его остановить: излучатель уже воздействовал на них. На базе он забрал винтовку СВД прямо с завода и ПСО, лежавший рядом. Быстро установив прицел, он направился дальше.
Вернувшись на бурый остров, учёный достал излучатель и подключил его к местной РЛС. В одно мгновение остров накрыло пси-излучение — так в документах назывались волны, производимые прибором.
В лаборатории острова он создал ещё один такой же излучатель и направился к РЛС «Дуга». По пути ему встречались разные люди — кто-то нейтральный, кто-то враждебный, но никто не решался напасть из-за винтовки.
Добравшись до центра управления «Дугой», он подключил излучатель к системам РЛС. Немедленно станция озарилась вспышками и начала распространять пси-излучение.
Позже он обнаружил упоминание другого излучателя — Кайманова, известного как «Дремучка».
Покинув центр управления, учёный увидел людей, попавших под излучение. Они были дезориентированы. Шёпот их не принял, и теперь они — зомби, обречённые на страдание.
На территории Дремучки он обнаружил толпу сталкеров и своих бывших коллег — Первопроходцев, одетых в более совершенную броню. Все они спустились в подземный комплекс. Через секунду включилась Дремучка и взяла всех под контроль. План сработал. Припять и бурый остров были окутаны пси-излучением. Никто больше не помешает ни ему, ни Шёпоту.
Затем он направился в центр Зоны — к ЧАЭС. Там он нашёл обширную информацию о Зоне, её «законах» и природе.
Выяснилось, что Зона — это живой организм, готовый делиться тайнами с теми, кто будет её защищать.
Учёный решил, что эти тайны не должны покидать Зону. Шёпот в его голове был согласен.
Они долго искали способы изоляции, но Зона решила всё сама — начался сверхвыброс. Они спрятались.
Выброс был мощным. Все пути к Припяти и ЧАЭС перекрыли аномальные поля. Центр Зоны оказался изолирован.
Прошло время. В Припять пробирались либо сталкеры, попавшие под влияние Дуги, Дремучки или острова Бораль, либо безумные исследователи. Вокруг учёного со временем собралась целая армия. Он стал её лидером. Единственный, кто в какой-то мере сохранил разум и мог действовать без Шёпота. Он решил, что больше не учёный, а снайпер, поклявшийся защищать сердце Зоны.
Шепчущие, как их стали называть, значительно продвинулись в технологиях: телепорты, электромагнитные винтовки, броня и оружие из неизвестного сплава и органики, генераторы аномалий, собственные артефакты — всё благодаря Зоне, которая поняла: эти люди не предадут её.
Но утопия не вечна. В Припять, окольными тропами, проник отряд Наёмников во главе с неким Мюллером. Они избегали боёв. Узнав об этом, Снайпер направился с отрядом на их уничтожение.
Схватка произошла возле Припяти. В бою Снайпер получил пулю в голову и пал. Мюллер крикнул: «Отступаем!» — и увёл остатки отряда.
Снайпер исчез вместе с Шёпотом. Связь с ним прервалась. Бойцы перенесли тело на ЧАЭС. Там уже была готова капсула. Но ничего не вышло. Шёпот больше не вернулся.
Между Шепчущими вспыхнул конфликт. Одни обвинили солдат, другие — учёных. Произошёл раскол. Учёные ушли на Бораль и стали называть себя Синтез. Офицеры, поднявшие конфликт, ушли в город-призрак Любеч-3 и стали Тенями Любеча. Те, кто был предан Снайперу, остались в Припяти и ЧАЭС — теперь они назывались Чёрным Центром.
Синтезы создали сыворотку прозрачности на основе мутантов-Упырей. Она делала бойцов не невидимыми, а именно прозрачными. Они придерживались нейтралитета: не трогаешь их — не трогают тебя.
Тени Любеча охраняли город. Никто не знал, зачем — но все чувствовали: такова воля Шёпота.
Чёрный Центр заметил, что Припять стала проходным двором. Тогда они построили устройство, выплеснувшее огромный объём аномальной энергии, закрыв РЛС «Дуга» и Рыжий Лес, но открыв путь на север — туда, куда даже Шёпот не совался. Главное — Припять полностью изолировалась.
Недавно ССОП начала операцию «Полюс» по уничтожению Чёрного Центра. Но они не учли, сколько силы накопил Шёпот. Отступать было стыдно, и они захватили одно устройство.
Все три клана — Синтез, Тени Любеча и Чёрный Центр — пришли в ярость. По заветам Снайпера, технологии Зоны не должны покидать её. Они заключили перемирие и напали на внешние территории: Болота, Обочину, агрокомплекс «Колос» и Чёрные Ивы.
Захват занял всего пару дней. Новички бежали на север. Шёпот уже стучался в двери военных, и те призвали помощь со всех сторон. Группировки объединились с военными.
Болота были потеряны, но на Обочине шли самые кровавые сражения в истории Зоны. Синтез выпустил дронов, Тени применили Гаусс-винтовки и снайперов, а Чёрный Центр развернул аномальные ПВО и вышел на связь с прибором. Они запустили систему ликвидации и отправили штаб Чернобыль-4 в пространственную аномалию. На его месте остался лишь кратер.
Шепчущие направились к заслону Припяти. Каждый из них ушёл в свою сторону. Кланы начали на ходить общий язык, но окончательное объединение — лишь вопрос времени.